Родился в Соликамске (уп. 1647, ум. 3 ноября 1689). В начале 1650-х годов переехал в Великий Устюг, где для надвратной Всеградской церкви написал икону «Спас Нерукотоврный». Образ не сохранился.

В 1657 году принимал участие в росписи Архангельского собора в Москве, но после уехал из столицы и избегал возвращения туда. После пожара в Антониево-Сийском монастыре на Двине, настоятель просил царя прислать для написания новых икон Зубова. Но просьба не была выполнена, вместо этого в 1660 году, царь велел привести Зубова с приставом из Ярославля в Москву для завершения росписи Архангельского собора. В это время иконописец писал иконы для Покровской церкви в Ярославле, заказчик которых – Аника Скрыпин - написал царю челобитную с просьбой оставить мастера до завершения работ.

Лишь спустя два года – в 1662 году Федор Зубов прибыл в Москву, где стал одним из пяти жалованных царских мастеров. При государевом дворе он работал иконописцем вместе с Ушаковым, Резанцем, Леонтьевым и Козловым. Ценился, прежде всего, как знаменщик и организатор больших работ, в которых участвовало много мастеров.