После падения Константинополя в 1453 году главным центром греческой иконы оказалась столица острова Крит - Кандия, куда стали переселяться константинопольские мастера, спасаясь от турецких завоеваний. С 1210 по 1669 годы Крит находился под властью Венецианской Республики, что обеспечило ему широкие торговые связи и защиту от Турции. В этот период множество икон делалось здесь на заказ для католических и православных стран и монастырей. Самыми крупными заказчиками были греческие монастыри Синая, Афона, Патмоса. В связи с печальной судьбой Константинополя, интерес к его культуре возрос в Италии, Франции, Фландрии и в Западной Европе в целом. В связи с этим, выделяют два основных направления иконописи Крита: “in maniera latina” опирающееся на венецианскую готику и “in maniera greca” продолжающее традиции палеологовского стиля. Но, как правило, это были смешанные между собой направления. Критские мастера часто подписывались под своими работами, известно около 240 имен иконописцев. Вместе с тем, существовала и практика копирования работ известных мастеров из-за очень большого числа заказов.

Во второй половине XV века произошел расцвет критской школы. Художники обращаются к константинопольским произведениям XII века, копируют их сюжеты, дополняя новыми деталями. К этому времени относятся работы Ангелоса Акотаноса, Андреаса Рицоса, Николаоса Зафуриса. Первые два мастера придерживались византийской манеры письма, возможно, что Ангелос приехал на Крит из Константинополя. На его больших образах святые изображены в укрупненных, монументальных пропорциях, в пространстве, где определенный источник света отсутствует и вместе с золотым фоном создает у зрителя ощущение внепространственности и вневременности изображенного события. Колорит приглушенный, теплый, форма ликов и фигур выражена, в основном, игрой света и тени. Но в поздних иконах Ангелоса появляются открытые, чистые цвета, что указывает на влияние итальянской готики, и с помощью этих интенсивных красок достигается впечатление близкое всепроникающему свету византийской иконы. В этих иконах сильно чувствуются эсхатологические переживания, впрочем, как и у всей иконописи этого периода. Падение империи и давние предсказания о конце света в 1492 году (7000 год от Сотворения Мира), так же как надежды на воссоединение западной и восточной церкви подталкивали художников к разработке новых тем иконописи. Среди икон Ангелоса Акотаноса можно упомянуть «Введение Богоматери во храм», «Христос «Виноградная Лоза», «Встреча Апостолов Петра и Павла».

В работах его преемника Андреаса Рицоса продолжает развиваться эсхатологическая тематика. Смешение византийской и итальянской традиций письма проявляется в появлении материальности в отвлеченном от земного мира пространстве иконы. Рицос был известным мастером полуфигурных изображений Богоматери с Младенцем, сидящей на троне. Его работам подражали, их копировали другие мастерские Кандии.

Образы Николаоса Зафуриса синтезировали в себе черты обоих направлений - “in maniera latina” и “in maniera greca”. Черты византийского письма, особенно проявляются в ликах, где мастер использовал санкирный способ письма. Но границы света и тени в складках одежд стушевывается как в иконах запада. Его руке принадлежит образ «Христос во Гробе», изображающий особый вариант композиции, отражающий влияние как венецианской готики, так и работ Джованни Беллини («Христос во Гробе, Богоматерь и Иоанн Богослов», вторая половина XV века, Крит. Художественно-исторический музей, Вена).

В начале XVI века художники начали уезжать с Крита в другие регионы и монастыри, куда их приглашали для росписей храмов (на Афон, в Метеоры), так Андреас Пицаманос сначала уехал в Далмацию, а затем осел в южной Италии. Место работы сильно влияло на творчество иконописцев и образы Пицаманоса основываются на гравюре эпохи Ренессанса («Поклонение пастухов», после 1518 года, Крит. Эрмитаж, Санкт-Петербург). С середины XVI века иконописцы обращаются к эксперссии маньеристов. Наиболее известно творчество мастера Доменикоса Теотокопулоса, который родился в Кандии, но уехал в Венецию, где прославился под именем Эль Греко. У другого мастера Михаила Дамаскиноса, после его работы Венеции, в иконах чувствуется маньеризм, но тем не менее, за основу взята византийская система образов. Трехмерность пространства, сложные развороты фигур, выделение главных персонажей архитектурным фоном, современные типажи и костюмы - черты маньеристического стиля. О византийской традиции напоминают отсутствие источника света, его равномерная распределенность в пространстве иконы и золотой фон. Обращение мастеров к западноевропейской гравюре выразилось в увеличившейся роли линии, которая стала резко очерчивать цветовые пятна.

В 1669 году Кандия была завоевана турками, что привело к переселению художников на Ионические острова, в Грецию, Южную Италию, Венецию, Патмос, Синай, Иерусалим. В иконописи уже нет тех ярких, сильных мастеров XVI века, повторяются старые образцы, в сочетании с продолжающимися тенденциями в сторону маньеризма, и подробной повествовательности гравюры, но на основе палеологовского искусства.

Кроме Крита иконопись развивалась так же и в Центральной и Северной Греции, в монастырях Афона, Метеорах, Янинах, Фессалии, Беотии, Македонии. В XV-XVI веках солуно-македонская школа стала ведущей в иконописи этого региона. Экспрессивная, но верная канону, мало подверженная нововведениям и порой лишенная классических приемов построения форм, она продолжает традиции икон XIV века.

Со второй половины XV века, после падения Фессалоник, многие художники начали работать на Афоне. Он стал еще одним крупным центром иконописи. Приглушенные, темные цвета, в сочетании с яркими пятнами света и хрупкие формы выдают мастеров солуно-македонской школы. Новое поколение афонских иконописцев не привносит ничего нового - стиль упрощается, появляются локальные цветовые пятна в сочетании с резкими линиями. В это же время здесь появляется интерес к критской школе, но даже при наличии заказных икон мастеров Кандии, местные иконописцы остаются верны афонской традиции, что прослеживается на протяжении всего XVI века. В Фессалии, Беотии и Янине во второй половине XVI века многие художники также обращаются к образам, вышедшим из критских мастерских.

В конце XVI - XVII веках на Афоне сохранялись старые традиции местной и критской школ, хоть и появлялись новые виды иконографии, в частности, основанные на гравюрах Дюрера. Но в целом, иконопись остается также консервативна, и образы предыдущих столетий копировались - в качестве даров для христианских правителей и для многочисленных паломников. В XVIII веке в иконах появляются изображения монастырей Афона с окрестностями, в своей топографической точности восходящие к гравюре. В XVIII–XIX веках при общей тенденции к упрощению, мастера всегда следовали канону, и даже при нововведениях сохранялась четко различимая основа византийской традиции.